2002—2010年期间，由原校长李培根、丁烈云先后兼任研究院的院长。 2009年11月16日，在深圳市政府的鼎立支持下，研究院荣获扎根深圳入场券，华中科技大学深圳产学研基地举行了开工奠基典礼。

2013年12月24日，华中科技大学深圳产学研基地启用研讨会在基地二楼会议室举行，标志着基地大楼正式全面启用。时任华中科技大学校长李培根为学校部分来深设立分支机构的国家重点实验室（工程中心）举行授牌仪式。

2017年，研究院科技成果产业化事业迅猛发展，在电子信息、材料、新能源、智能制造、生物医药、环保等领域实现了全覆盖并持续聚力扩大优势，累计获得政府科研经费近亿元，惠及30余个专业方向的近100个科研团队，发表国内外核心期刊论文500余篇，申请专利300余项，授权发明专利80余项。研究院充分利用自身资源，打造出一个公共的投融资、法律、人力资源、校友服务等多方面的孵化服务平台，为创新、创业提供助力，孵化器累计孵化企业100余个，培养了多家上市企业。学历教育MBA、EMBA陆续开班，非学历教育项目火热开展，累计为深圳本地培养各类人才2万余名，为深圳经济发展提供人才保障。

2019年，研究院校友服务平台优势稳步提升，服务范围辐射至大湾区校友群体，借助微信公众号、微信群等线上平台，积极做好品牌推广工作，校友通讯录人数突破2万人，“深圳+”校友群不断扩大，大湾区广州、东莞、珠海、中山等多地校友联谊会初现雏形。

2020年，研究院作为聚集于源头性技术创新、采取市场化运行机制、取得丰富创新成果的新型研发机构。它始终坚持“以人才引进为先导、搭建科研平台为基础、校企合作为特色、科技成果孵化为长效机制的模式”，深度融入深圳经济转型升级，先后获得多项荣誉证书、专利证书、科技奖励等，取得骄人成绩的同时，研究院的价值和品牌得到显著提升。